museum-digital ist ein Internetportal, das von Museen zur gemeinsamen digitalen Publikation der Sammlungsbestände und zunehmend zur Inventarisierung von Museumsdaten genutzt wird. Fachlich begleitet wird das Projekt durch das Berliner Institut für Museumsforschung. Die Plattform zeigt sowohl Text- als auch Bildinformationen zu den Museumsobjekten.
Das Winckelmann-Museum bewahrt zwei Sammlungen an Kunstwerken: die des Museums (= WM) und die der Winckelmann-Gesellschaft (= WG). Insgesamt umfasst der Bestand ungefähr 13.000 Exponate aus quasi allen Gattungen der Kunst. Inhaltlicher Ausgangspunkt des Sammlungsaufbaus ist, dem Profil des Museums entsprechend, die Person Johann Joachim Winckelmann. Gattungsmäßig liegt der Schwerpunkt im grafischen Werk, vor allem mit Themen, die einen Bezug zu Winckelmann herstellen: z.B. Winckelmann-Porträts, Winckelmann-Autografen, Porträts seiner Zeitgenossen, Antikenrezeption und Italienansichten des 17. und 18. Jahrhunderts. Zur Letzteren zählt z.B. ein beachtliches Konvolut an Radierungen von Giovanni Battista Piranesi (115 Blatt). Unter gleicher thematischer Schwerpunktsetzung gehören zum Kernbestand auch Aquarelle, Zeichnungen, Gemälde und Plastik. Beachtenswert sind hierbei die Gipsreproduktionen nach antiken Statuen. Darüber hinaus besitzen Museum und Gesellschaft jeweils eine kleine Antikensammlung sowie mehrere Künstlernachlässe: von dem modernen Magdeburger Grafiker Wilhelm Höpfner (1899–1968), dem Konstruktivisten Walter Wilhelm (1898–1970), dem ebenfalls als Künstler tätigen Kunsthistoriker Georg Dehio (1850–1932) und den Vorlass der Bildhauerin Christa Sammler (*1932). Ein Glanzstück des Winckelmann-Museums ist eine ca. 550 Arbeiten umfassende Sammlung von Meistergrafik der Klassischen Moderne. Zu ihr gehören u.a. Werke von Heinrich Vogeler, Max Klinger, Max Liebermann, Lovis Corinth, Edvard Munch, Käthe Kollwitz, Ernst Barlach, Emil Nolde oder Karl Schmidt-Rottluff. Den Grundstock dieser Sammlung bildet der Nachlass des Stendaler Sammlers und Mitbegründers der Winckelmann-Gesellschaft Rudolph Große (1879–1949). Bis heute wird in der Winckelmann-Gesellschaft dieses bürgerschaftliche Engagement gelebt, so dass der Zuwachs an Kunstwerken vor allem Schenkungen, Stiftungen und dem Sponsoring von Mitgliedern der Gesellschaft zu verdanken ist.
