Das Museum widmet sich dem Leben und Werk von Johann Joachim Winckelmann (1717-1768), dem Begründer der Klassischen Archäologie und modernen Kunstwissenschaft. Es wurde 1955 an der Stelle seines Geburtshauses, der heutigen Winckelmannstraße 36, eröffnet. Innerhalb von gut 60 Jahren, insbesondere aber seit dem Jahr 2000, als die Winckelmann-Gesellschaft die Trägerschaft des Museums übernommen hat, wurde das Areal sukzessive durch Einbeziehung anliegender Gebäude und Flächen erweitert. Anlässlich der Winckelmann-Jubiläen 2017/2018 erfolgte eine umfassende bauliche Neugestaltung des Museumsquartiers. Ein Neubau entstand, der den Altbauten vorgeblendet ist und diese sinnvoll verbindet.
In ihm befindet sich ein modernes Foyer mit Museumsshop und Café-Ecke. In seinem Obergeschoß hat die Bibliothek der Winckelmann-Gesellschaft ihren Sitz. Die Obergeschosse des weitgehend barrierefreien Museums werden nun durch einen Aufzug erschlossen.
Die ständige Ausstellung im Erdgeschoss des Museums thematisiert das Leben und Werk Winckelmanns. Am 8. Juni 1768 wurde er in einem Hotelzimmer in Triest Opfer eines grausamen Mordes. Die Ausstellung nimmt dieses Ereignis zum dramaturgischen Ausgangspunkt und verfolgt – wie in einer Rückblende – den ungewöhnlichen Lebensweg von Johann Joachim Winckelmann: seine Herkunft als armer Schustersohn in Stendal, seinen teils dornenreichen Bildungsweg, seine Anstellungen in Seehausen und im sächsischen Nöthnitz und seine richtungsweisende Stippvisite in Dresden, schließlich sein Leben und Wirken in Rom und in anderen Orten Italiens sowie seinen Ruhm in Europa. Innerhalb der biographischen Stationen wird zugleich Winckelmanns wissenschaftlicher Werdegang geschildert, als „Highlights“ in den Räumen werden seine Werke präsentiert.
Der Ausstellungsbereich „8000 Jahre Kunst – das Mäzenaten-Museum“ zeigt Werke und Künstlernachlässe, die von Mitgliedern der Winckelmann-Gesellschaft großzügig gestiftet wurden. Mehrmals im Jahr gibt es im Haus Sonderausstellungen, oft mit internationaler Beteiligung. Im Familienmuseum „Unter dem Vulkan“ haben Kinder, Jugendliche und Familien viele Möglichkeiten, die Welt der Antike hautnah zu erleben. Der Skulpturenhof lädt als stimmungsvoller Ort zum Verweilen ein. Im Winckelmann-Park steht das größte begehbare Trojanische Pferd der Welt und gibt einen schönen Blick über die Stadt. Der Park bietet u.a. auch ein Hörtheater, eine Spielstraße und ein Labyrinth. Entspannung findet man auch im Museumsgarten, ausgestattet mit Skulpturen und einem Götterzelt.
Das Museum ist weitgehend barrierefrei. Die Bereiche werden durch einen Aufzug erschlossen. Die Winckelmann-Ausstellung bietet für Blinde und Sehschwache taktile Orientierungspläne, einen Audioguide, Tastexponate und Soundstationen. Für Gehörlose steht im Foyer ein Tablet mit einer gebärdensprachlichen Einführung zur Verfügung.
